A Perugia la “Brigata” nacque nel luglio 1909 dal progetto di un gruppo di illustricittadini di Perugia che volevano valorizzare, restaurare, difendere e promuovere ilpatrimonio storico-artistico della città con restauri, manifestazioni e convegni.
L’attività del sodalizio fu importante anche per la nascita del Museo, poiché già dal 1912 si delibera sulla possibilità di chiedere al Capitolo di destinare a Museo un localetra quelli di sua proprietà, raccogliendo e esponendo oggetti artistici più pregevoli.La richiesta della Brigata non sortì un effetto immediato, ma evidentemente avevacontribuito a focalizzare l’attenzione, anche del Capitolo, sulla possibilità di allestireuna raccolta museale aperta al pubblico dei visitatori.
Entra in scena, a questo punto, Umberto Gnoli, che contribuì in modo determinantealla nascita del Museo, dando un apporto scientifico di alto profilo alla conoscenza deimateriali. Umberto Gnoli (Roma, 1878 – Campello sul Clitunno, 1947) compie la suaformazione a Spello e il periodo della sua permanenza nella cittadina umbra lo metteevidentemente in contatto con le presenze romaniche del territorio, sulle qualidiscute la tesi con Adolfo Venturi.L’arte della regione umbra fu da sempre al centro dei suoi interessi critici, grazie aiquali furono precisate molte attribuzioni e contesti artistici. Inoltre ebbe modo difrequentare altri importanti storici dell’arte. Dal 1910 è Ispettore ai monumenti perl’Umbria per la provincia di Perugia e in questa veste riesce a far trasformare l’alloraPinacoteca comunale del capoluogo in Regia Galleria Nazionale. E’ durante gli annidella sua soprintendenza che viene istituito il Museo del Capitolo, per il quale Gnoliredige anche il Catalogo.
Nell’introduzione del Catalogo si esplicita che Il Museo apre nella «ricorrenza delquarto centenario della morte di Pietro Perugino» e che «per onorare la memoria delpiù grande pittore umbro la miglior forma fosse quella di raccogliere in una collezioneordinata e completa, e di rendere costantemente visibile al pubblico, le varie insigniopere di arte di cui […] si è venuta arricchendo questa insigne basilica dedicata a SanLorenzo».Dunque, anche il nostro Museo nasce sotto l’ala del genius loci, di quel Perugino cheGnoli stesso aveva contribuito a far conoscere con la pubblicazione di documenti econ i suoi studi.Il neonato Museo raccoglie, sempre citando dall’introduzione, ciò che «proveniva dachiese soppresse o da donazioni o da modificazioni apportate alla decorazione dellaCattedrale».
Con queste caratteristiche, il Museo rimase aperto sino alla fine degli anni ottanta del Novecento, quando i locali non risultarono più praticabili dal pubblico e si reseronecessari importanti lavori di consolidamento strutturale e di recupero funzionale.La sede museale risultò così notevolmente ampliata, mentre il riallestimento vennecurato dalla Soprintendenza per i Beni Ambientali e Architettonici negli anni tra il1998–99, utilizzando anche fondi per il Giubileo del 2000. Il 1 aprile di quello stessoanno il Museo venne riaperto di nuovo al pubblico.
L’ultima operazione rilevante dal punto di vista espositivo è stata ultimata nel 2011,quando si è proceduto al rimontaggio delle parti principali della decorazionedell’altare della Pietà, dovuta allo scultore fiorentino del rinascimento Agostino diAntonio, noto come Agostino di Duccio ( Firenze, 1418 – Perugia, dopo il 1481).L’altare si trovava nella navata sinistra della Cattedrale e venne realizzato tra il 1473 el’anno successivo grazie al lascito testamentario di Niccolò Ranieri per l’ospedale diSanta Maria della Misericordia.